В соответствии с ФЗ «Об образовании в Российской Федерации» и уставом ГБОУ гимназии №41 имени Эриха Кестнера Приморского района Санкт-Петербурга управление осуществляется на принципах единоначалия и самоуправления.
Единоличным исполнительным органом образовательной организации является директор, который осуществляет текущее руководство деятельностью образовательной организации.
Высшим органом педагогического самоуправления является педсовет. На педсоветах обсуждаются и утверждаются планы работы гимназии, Положения, программы; осуществляется анализ состояния учебно-воспитательного процесса; заслушиваются доклады, отчеты по различным проблемам. Педсоветы проходят в различных формах: традиционный, групповая работа, конференция, круглый стол, деловая и Большую работу в школе проводит методсовет, который является коллективным профессиональным совещательным органом. В его состав входят наиболее квалифицированные, опытные, неравнодушные к своему делу, творчески работающие учителя, администрация.
Методический совет как орган педагогического самоуправления координирует усилия всех подразделений школы. Он осуществляет непосредственное управление методической работой: организует работу по повышению научно-теоретического уровня и методического мастерства педагогов, работает над совершенствованием учебно-воспитательного процесса, организовывает конкурсы, семинары, круглые столы, педагогические чтения, занимается вопросами изучения, анализа, обобщения и распространения передового педагогического опыта.
Научно-методический Совет школы – это коллективный профессиональный орган самоуправления педагогических работников. Заседания проводятся по плану, который является составной частью общешкольного плана. Под руководством МС в школе работают предметные методические объединения: МО учителей русской словесности, МО учителей математического цикла, МО учителей истории и обществознания, МО учителей естественно - научного цикла, МО учителей немецкого языка, МО английского языка, МО учителей начальных классов и МО классных руководителей. На заседаниях МО анализируются состояние и результативность работы педагогов, обобщается опыт работы учителей, проходят творческие отчеты учителей по самообразованию, проводится взаимопроверка школьной документации.
Самоуправление – один из основных принципов деятельности ученического коллектива. Сущность его состоит в реальном участии учащихся в управлении делами гимназии и класса. В гимназии функционирует Совет обучающихся. Лидер Совета обучающихся руководит работой Совета, выходит с инициативами, вносит предложения в план работы, руководит работой Совета лидеров, является членом педагогического совета гимназии, участвует в обсуждении вопросов, связанных с успеваемостью и дисциплиной учащихся. Настоящее самоуправление предполагает, что его органы не только обладают правами, но и несут реальную ответственность за свою работу. Члены Совета обучающихся тесно сотрудничают с педагогическим коллективом гимназии, с администрацией.
В целях учета мнения обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников по вопросам управления гимназией и при принятии локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, по организации образовательного процесса, по инициативе обучающихся, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников в гимназии №41 - созданы Совет обучающихся, Совет родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся.